Tematami przewodnimi podczas obrad Komisji były m.in. zanieczyszczenie Morza Bałtyckiego (przyczyny, skutki i perspektywy poprawy), plan zagospodarowania przestrzennego polskich obszarów morskich, zintegrowane podejście do kwestii obronności, a także kwestii ekonomicznych, środowiskowych, społecznych i zdrowotnych (m.in. problem zatopionej broni chemicznej).
Ważną sprawą dla naszego regionu jest fakt, że komisje wspólnie „rekomendują wsparcie gospodarki wodno-ściekowej w miejscowościach turystycznych, aktualizację polityki rolnej dotyczącej nawożenia, z uwzględnieniem retencji wód i wpływu na Bałtyk”.
O zanieczyszczeniach Morza Bałtyckiego, ich przyczynach, skali zagrożeń i perspektywach poprawy sytuacji mówił rektor Uniwersytetu Gdańskiego prof. dr hab. Piotr Stepnowski. Przypomniał, że Polska musi wdrażać rekomendacje Komisji Helsińskiej poprzez, m.in., redukcję ładunków biogenów, ale cele w tym zakresie wciąż nie zostały osiągnięte. Wymaga to nieustannego inwestowania w gospodarkę wodno-ściekową na terenie całego kraju, a na pełne oczyszczenie ścieków ze związków azotu pozwala jedynie trzeciorzędowe ich oczyszczanie, na co konieczne są kolejne inwestycje.
O planie zagospodarowania przestrzennego polskich obszarów morskich i badaniach środowiskowych prowadzonych przez Uniwersytet Morski w Gdyni opowiadał rektor Uniwersytetu Morskiego w Gdyni prof. dr hab. inż. kpt. żeglugi wielkiej Adam Weintrit.Zwrócił uwagę m.in. na lokalizacje miejsc, na których możliwy jest rozwój energetyki wiatrowej, lokalizacje, w których zalegają wraki na dnie Bałtyku, kwestie związane z lokalizacją istniejących i planowanych rurociągów i infrastruktury technicznej na Bałtyku, strefy rozgraniczenia ruchu, lokalizację Particularly Sensitive Sea Area i strefy konfliktu interesów różnych podmiotów i instytucji z państw basenu Morza Bałtyckiego. Omówił ponadto lokalizację istniejących i planowanych rurociągów i infrastruktury technicznej na Bałtyku.
O zintegrowane podejście do kwestii zatopionej broni chemicznej i amunicji zaapelował prezes Międzynarodowego Centrum Bezpieczeństwa Chemicznego ICCSSKrzysztof Paturej. Podkreślił konieczność zmiany podejścia do rozbrojenia chemicznego, które warunkuje powstawanie morskich farm wiatrowych na Bałtyku. Badania potwierdzają, że budowa farm planowana jest w miejscu występowania zatopionej broni chemicznej, co oznacza zablokowanie tych inwestycji do momentu rozbrojenia. Dzisiaj istnieje również realne zagrożenie potencjalnego wykorzystania zatopionej broni w działaniach hybrydowych, zwłaszcza w obszarze inwestycji. W przekonaniu Krzysztofa Paturejapoważnym błędem jest traktowanie zatopionej broni chemicznej jako broni, a nie jako odpadu chemicznego, którym w myśl Konwencji ONZ o zakazie broni chemicznej jest. To błędne podejście skutkuje paraliżem decyzyjnym i powinno ulec zmianom legislacyjnym, co pomoże w rozwiązaniu problemu i umożliwi szybką reakcję na potencjalne zagrożenia.
W przekonaniu Jerzego Marka Nowakowskiego, Bałtyk jest absolutnie kluczowym akwenem z punktu widzenia bezpieczeństwa europejskiego, ponieważ jest kluczowym nie tylko handlowym, ale i militarnym korytarzem transportowym dla NATO. Po wejściu do Sojuszu Szwecji i Finlandii Rosja stała się na Bałtyku państwem marginalnym. Dlatego musimy być przygotowani, że może dojść do konfliktu na Bałtyku, także ze względu na element globalnej rozgrywki o Arktykę. Dlatego państwa naszego regionu powinny bardzo wyraźnie w rozmowach z Komisją Europejską postawić kwestię długofalowej strategii z precyzyjnymi zapisami dotyczącymi obrony i budowania europejskiej solidarności wokół Bałtyku.
Sekretarz stanu w Ministerstwie Infrastruktury Arkadiusz Marchewka poinformował, że ministerstwo planuje realizację działań mających na celu neutralizację odpadów niebezpiecznych znajdujących się na Bałtyku ze środków pochodzących z KPO. Wiceminister zapowiedział, że do końca roku zostaną przyjęte 22 plany morskiego zagospodarowania przestrzennego.