Wśród najgroźniejszych źródeł zanieczyszczeń Bałtyku wymienia się rozlewy paliw i substancji ropopochodnych oraz uwalnianie się substancji z broni chemicznej (bojowych środków trujących i produktów ich rozpadu). Jak się okazało w wyniku międzynarodowych i krajowych projektów badawczych problemy te dotyczą również polskiej strefy Bałtyku. Na naszych wodach zalegają setki wraków statków, a także broń i amunicja chemiczna - pozostałości głównie po II wojnie światowej i okresie zimnej wojny. Problem wbrew pozorom mimo upływu kolejnych dekad nie jest zanikający a nabrzmiewa. Bowiem wraz z postępującą korozją wraków okrętów, pojemników i beczek z bronią i amunicją chemiczną oraz zwiększającą się eksploatacją Morza Bałtyckiego, wzrastają ryzyka przedostawania się do wód i dna Bałtyku oraz organizmów żywych szkodliwych substancji (ropy i substancji ropopochodnych, bojowych środków trujących i produktów ich rozpadu), w tym ryzyko nagłego, niekontrolowanego wycieku ogromnej ilości substancji niebezpiecznych (m.in. paliw lekkich i ciężkich) wskutek zapadnięcia się skorodowanego wraku okrętu i rozszczelnienia pojemników z paliwem.
W przypadku jednostki Franken, przeprowadzone przez Instytut Morski w Gdańsku badania wskazują na możliwość zalegania nawet 6.000 ton paliw i produktów ropopochodnych. Skorodowany wrak może pod wpływem własnego ciężaru zapaść się i spowodować nagły wyciek dużej ilości tych substancji. Tymczasem, jak wynika z ustaleń kontroli NIK, odpowiedzialna za zwalczanie zagrożeń i zanieczyszczeń środowiska morskiego spowodowanych rozlewem na powierzchni morza substancji ropopochodnych, Morska Służba Poszukiwania i Ratownictwa była zdolna do zebrania własnymi siłami i środkami około 3.000 ton oleju, a przy wykorzystaniu sił i środków innych jednostek - do 3.500 ton.
W przypadku jednostki Stuttgart zaś, w otoczeniu wraku stwierdzono plamę o przybliżonej powierzchni zaolejenia około 415 000 m². Ponadto zasięg skażenia dna powiększa się. Badania przeprowadzone przez Instytut Morski w Gdańsku w kwietniu 2016 r. potwierdzają stwierdzoną przezeń w 2009 r. „(…) lokalną katastrofę ekologiczną. Tam gdzie zalega mazut utworzyła się strefa azoiczna (strefa pozbawiona życia), która wraz z plamą poszerza swój zasięg degradując środowisko naturalne (…)”.
Znalezione na terenie Niemiec duże ilości amunicji chemicznej oraz zapasów bojowych środków trujących w pojemnikach (skrzyniach), po II wojnie światowej wojska alianckie w oparciu o ustalenia Konferencji Poczdamskiej, postanowiły zatopić. Na obszarze Morza Bałtyckiego wyznaczono miejsca zatopień (były to znajdujące się poza polskimi obszarami morskimi lub na ich granicy m.in. Głębie Gotlandzka i Bornholmska)
Jednak jak wynika z międzynarodowego projektu badawczego CHEMSEA wyznaczone miejsca nie stanowią jedynych, w których zatapiano broń chemiczną lub w których zatopiona broń chemiczną może się znajdować. Potwierdzono bowiem występowanie bojowych środków trujących lub produktów ich rozpadu również w Głębi Gdańskiej i Rynnie Słupskiej - w polskich obszarach morskich. „Stanowisko” składowania środków bojowych w Głębi Gdańskiej ma średnicę 0,62 mil morskich. Ponadto chemiczne środki bojowe znajdowano także na plażach w Dziwnowie, Kołobrzegu i Darłowie, co sugeruje istnienie większej liczby takich „stanowisk”, jak i zatapianie broni chemicznej także podczas transportu do miejsc wyznaczonych.
Kontrola NIK objęła Ministerstwo Gospodarki Morskiej i Żeglugi Śródlądowej, Ministerstwo Środowiska (obecnie Ministerstwo Klimatu), Główny Inspektorat Ochrony Środowiska, Urzędy Morskie w Gdyni, Słupsku i Szczecinie, Morską Służbę Poszukiwania i Ratownictwa, Urzędy Wojewódzkie: Pomorski, Warmińsko - Mazurski i Zachodniopomorski. Kontrolą objęto okres od 2016 do pierwszej połowy 2019 r.
Najwyższa Izba Kontroli wskazuje na brak pełnego rozpoznania zagrożeń wynikających z zalegania wraków z paliwem i broni chemicznej na dnie Morza Bałtyckiego. Administracja morska i administracja ochrony środowiska wzajemnie obarczają się odpowiedzialnością za przeciwdziałanie tym zagrożeniom, nie uznając swoich kompetencji, podczas gdy, zdaniem NIK, z przepisów jasno wynika podział obowiązków w zakresie rozpoznania zagrożeń. Ponadto w miejscach gdzie takie rozpoznanie już zostało dokonane, ww. administracje nie podejmowały działań prewencyjnych i interwencyjnych. Zarówno Minister Gospodarki Morskiej i Żeglugi Śródlądowej jak i Minister Środowiska (obecnie Minister Klimatu) zostali ocenieni negatywnie przez NIK.
Administracja morska (Minister Gospodarki Morskiej i Żeglugi Śródlądowej wraz z Dyrektorami Urzędów Morskich: w Gdyni, Słupsku i Szczecinie) mimo upływu nawet 70 lat od zatopienia statków i broni chemicznej nie dokonała inwentaryzacji dna, tzn. nie rozpoznała miejsc, ilości, rodzaju i stanu materiałów niebezpiecznych (paliwa i produktów ropopochodnych z wraków oraz bojowych środków trujących i produktów ich rozpadu).
Nie opracowano metodyki i techniki szacowania ryzyka związanego ze skażeniem środowiska morskiego. Nawet w przypadku mogących stanowić największe ryzyko wśród rozpoznanych wraków statków, niemieckich jednostek Franken i Stuttgart, jak i zlokalizowanych w Głębi Gdańskiej miejsc zatopienia broni chemicznej, nie podejmowano skutecznego przeciwdziałania tym zagrożeniom, które doprowadziłoby do ich neutralizacji.
Administracja ochrony środowiska (Minister Środowiska, obecnie Minister Klimatu, wraz z Głównym Inspektorem Ochrony Środowiska) pomimo posiadania informacji o zagrożeniach ze strony materiałów niebezpiecznych, nie prowadziła monitoringu wód polskich obszarów morskich, w tym osadów i organizmów żywych (m.in. ryb, omułków), pod względem stężeń bojowych środków trujących oraz produktów ich rozpadu, a także - z wyjątkiem benzo(a)pirenu - paliwa i produktów ropopochodnych z wraków statków. Badaniami i oceną jakości wód nie objęto nawet rozpoznanych już miejsc zatopień bojowych środków trujących i wraków statków z paliwem. W szczególności dotyczyło to „składowiska” broni chemicznej, znajdującego się w Głębi Gdańskiej.
Ponadto Minister Gospodarki Morskiej i Żeglugi Śródlądowej wykonujący prawa właścicielskie Skarbu Państwa do wód morza terytorialnego oraz morskich wód wewnętrznych, nie występował do państw bandery statków zatopionych na terenie objętym jego władztwem o pokrycie kosztów usunięcia wraków lub o inną pomoc w usunięciu zanieczyszczeń dokonanych przez okręty takich państw. Nie podejmował także działań w celu pozyskania od innych państw informacji o miejscach, ilości i rodzaju broni chemicznej, która została zatopiona w polskich obszarach morskich.
NIK skierowała wnioski systemowe do: