We wrześniu 2016 r. w zasobach PKP SA znajdowało się 2136 dworców kolejowych, z czego 574 to czynne dworce. Ponad 40% z nich objętych było ochroną konserwatorską, a w ponad 60% znajdowały się mieszkania. Zadaniem PKP SA było zapewnienie pasażerom odpowiedniego standardu dworców kolejowych, zarówno w aspekcie architektonicznym, jak i usługowym, odpowiadającego współczesnym wymogom. Aby temu sprostać powstał Program Inwestycji Dworcowych na lata 2016-2023. Jest on realizowany w ramach „Strategii na rzecz Odpowiedzialnego Rozwoju do roku 2020 (z perspektywą do 2030 r.)”. Zarząd PKP SA uchwalił we wrześniu 2016 r., że PID obejmie 464 inwestycje dworcowe. W kolejnych latach, w wyniku dostosowania zakresu PID do możliwości finansowych Spółki, liczba dworców objętych programem zmalała do 190 inwestycji na łączną kwotę 1,5 mld zł, ujętych w uchwale Zarządu PKP SA z lutego 2021 r.
Dworce będące w zarządzie PKP SA charakteryzują się bardzo dużym zróżnicowaniem, zarówno pod względem stanu technicznego, okresu ich budowy i stylu architektonicznego, jak i pod kątem potrzeb remontowych i utrzymaniowych. Ze względu na zły stan techniczny oraz konieczność dostosowania do obecnych wymogów systemu transportowego i oczekiwań pasażerów, znaczna część obiektów wymaga kompleksowej przebudowy. Wcześniej większość dworców poddawana była awaryjnym lub bieżącym remontom. Głównym źródłem finansowania PID są dotacje ze środków unijnych i budżetu państwa.
NIK skontrolowała Ministerstwo Infrastruktury, Centralę PKP SA i cztery Zespoły Realizacji Inwestycji PKP SA w Gdańsku, Krakowie, Warszawie i we Wrocławiu. Kontrola objęła okres od 1 stycznia 2016 r. do 30 czerwca 2021 r.
Pierwotna wersja Programu Inwestycji Dworcowych została przyjęta przez Zarząd PKP SA w 2016 r. Zgodnie z uchwałą Rady Ministrów w sprawie Strategii Rozwoju Transportu, to Minister Infrastruktury był zobowiązany do inicjowania i koordynowania działań już na etapie opracowywania projektu PID, jeszcze przed zatwierdzeniem go przez Zarząd PKP SA. Minister nie przeanalizował też potrzeb wynikających z wymogów europejskiego i polskiego prawa oraz programów strategicznych dotyczących transportu. Skierowanie do Zarządu Spółki uwag do zatwierdzonego już Programu było spóźnione. Od momentu uruchomienia PID w 2016 r. Minister nie monitorował jego realizacji. Sprawował jedynie nadzór nad wykonaniem umów na dofinansowanie z budżetu państwa kosztów budowy i przebudowy 34 inwestycji dworcowych. Nadzorowanie całego Programu podjął dopiero w 2018 r., tj. po ponad dwóch latach realizacji PID. Wobec przekazywanych przez Zarząd PKP SA informacji o opóźnieniach w realizacji inwestycji Minister wystąpił do Zarządu o przygotowanie, wdrożenie i monitorowanie programu naprawczego. Minister nie zapewnił rzetelnej sprawozdawczości z realizacji inwestycji.
Spośród skontrolowanych czterech ukończonych inwestycji dworcowych, w dwóch nie zrealizowano w pełni założeń projektowych. Na dworcu w Tczewie nie umieszczono informacji o rozkładzie jazdy na wysokości wymaganej przez unijne przepisy dotyczące osób niepełnosprawnych. Przy jednym z wejść do budynku nie zamieszczono dotykowych oznaczeń ostrzegawczych dla osób niewidomych i niedowidzących. Niezgodnie z przepisami zostały też wykonane schody i poręcze. W trakcie przebudowy zainstalowano system dynamicznej informacji pasażerskiej, jednak nie zapewniał on pasażerom wizualnej bieżącej informacji o opóźnieniach pociągów i zmianie peronu, z którego odjeżdża dany pociąg. Informacje te podawane były w formie dźwiękowej, co było kłopotliwe dla osób z ograniczeniami słuchu.
W Oświęcimiu zaprojektowano i zbudowano budynek w formule Innowacyjnego Dworca Systemowego. Tam uchybienia dotyczyły: braku dotykowej ścieżki prowadzącej na peronie nr 1, braku odpowiedniego kontrastu ławek z podłożem, nadmiernej sile zamykania drzwi do toalet dla niepełnosprawnych, nieprawidłowej odległość poręczy od balustrad i braku dwustronnej komunikacji głosowej w systemie przywoławczo-alarmowym. Przyczyną braku dotykowej ścieżki prowadzącej było jej nieuwzględnienie w projekcie wykonawczym, uzgodnionym z PKP PLK SA, a pozostałych uchybień – odbiór przez PKP SA robót zrealizowanych niezgodnie z projektem.
Spośród ośmiu skontrolowanych dworców w pięciu stwierdzono opóźnienia w realizacji inwestycji.
Termin ukończenia dworca w Tczewie wydłużono o osiem tygodni. Został oddany do użytku 3 sierpnia 2021 r. jednak do dnia zakończenia kontroli (22 października 2021 r.) funkcjonowały tam jedynie kasy biletowe, a 12 wybudowanych lokali komercyjnych było nieczynnych. Tym samym nie przynosiły one przychodów z tytułu komercyjnego najmu powierzchni. W Oświęcimiu opóźnienie wyniosło 31 tygodni. W części było spowodowane nierzetelnym przygotowaniem inwestycji przez PKP SA. Po upływie prawie półtora roku od oddania do użytku dworca Spółka nie zakończyła jeszcze rozliczeń z wykonawcami i nie przekazała rozliczenia inwestycji Ministrowi Infrastruktury.
Nierzetelne przygotowanie inwestycji spowodowało opóźnienie oddania do użytku dworca w Szczytnie. Zbyt późno przekazano wykonawcy plac budowy, brakowało też niezbędnych uzgodnień dotyczących wykonania czterech przyłączy gazowych i uruchomienia przyłącza energetycznego. Z powodu opóźnień PKP SA niegospodarnie wydała (do 30 września 2021 r.) 910 tys. zł.W Rzeszowie w czasie przygotowań do przebudowy dworca głównego PKP SA przez prawie 2,5 roku nie mogła skutecznie rozwiązać, podpisanej wcześniej umowy z inżynierem kontraktu. Konsekwencją zwłoki było niegospodarne wydanie ponad 52 tys. zł.
W realizacji inwestycji dworcowych przyczynami opóźnień były głównie: opóźnienia w przygotowaniu dokumentacji projektowych i uzyskaniu pozwoleń na budowę, aneksowanie umów o wykonanie robót dodatkowych i zamiennych, przedłużające się uzgodnienia warunków przyjętych rozwiązań projektowych z PKP PLK SA i innymi spółkami z grupy PKP.
Opóźnienia i problemy organizacyjne wpłynęły na przyjęcie w grudniu 2019 r. przez Zarząd PKP SA programu naprawczego.
Po prawie 5 latach od uchwalenia PID, a na 2,5 roku przed planowanym zakończeniem jego realizacji, w przypadku ponad połowy ujętych w nim dworców poziom wykorzystania nakładów finansowych nie przekraczał 5%. W okresie od 15 października 2018 r. do 30 czerwca 2021 r. na 174 dworce ujęte w PID, w przypadku 168 obiektów harmonogram inwestycji uległ zmianie, przy czym w przypadku aż 160 inwestycji nastąpiło opóźnienie w planowanym terminie oddania dworca do użytkowania – średnio o 450 dni. Próba poprawienia tego stanu przez PKP SA nie przyniosła zamierzonych efektów. Z 85 dworców zaplanowanych do oddania do użytkowania w latach 2016-2021, do 30 czerwca 2021 r. oddano jedynie 37 dworców. Główną przyczyną niesprawnej realizacji PID były częste zmiany osób odpowiedzialnych za nadzór nad realizacją Programu oraz niepełne wdrożenie programu naprawczego, który miał doprowadzić do dotrzymania terminów ukończenia inwestycji.Do 30 czerwca 2021 r. wydano prawie 548 mln zł, co stanowiło niewiele ponad 44% zmienionego planu. Ze środków UE wydano prawie 293 mln zł czyli 46% planu po zmianach.
W ocenie NIK stopień wykorzystania środków finansowych przeznaczonych na PID w ciągu dotychczasowych 4,5 roku jego realizacji oraz jego dotychczasowe zaawansowanie rzeczowe wskazują, że nie będzie możliwe zrealizowanie PID w zakładanym zakresie do końca 2023 r.