W tunelu pod Świną jest jedna jezdnia z dwoma pasami ruchu, każdy w przeciwnym kierunku. Obowiązuje ograniczenie prędkości do 50 km/h oraz zakaz wyprzedzania o czym informują stosowne znaki pionowe i poziome. Ze względów bezpieczeństwa należy bezwzględnie tych ograniczeń przestrzegać. Przejazd tunelem z taką prędkością to zaledwie 3-4 minuty, a w kolejkach na promy trzeba było często czekać wiele godzin.
Należy pamiętać, że wypadek w tunelu może mieć znacznie groźniejsze skutki nie tylko dla uczestników zdarzenia, ale też dla innych kierowców ze względu na ryzyko pożaru. Dlatego tak ważne jest zachowanie szczególnej uwagi i skupienia przejeżdżając przez tunel.
O przestrzeganie ograniczeń prędkości w tunelu zadba system odcinkowego pomiaru prędkości obejmujący całą długość tunelu. Bazując na pomiarze czasu przejazdu pomiędzy początkiem i końcem monitorowanej trasy wyliczy średnią prędkość pojazdu. System będzie działał w ramach CANARD (Centrum Automatycznego Nadzoru nad Ruchem Drogowym), czyli komórki organizacyjnej Głównego Inspektoratu Transportu Drogowego.
W tunelu, poza sytuacjami absolutnie awaryjnymi, obowiązuje zakaz zatrzymywania się. Jakiekolwiek zatrzymanie zwiększa ryzyko niebezpieczeństwa w tunelu. Dlatego jeżeli jest to tylko możliwe należy opuścić tunel i zatrzymać się po wyjeździe z niego. Jeżeli doszło na przykład do awarii uniemożliwiającej dalszą jazdę należy zatrzymać się jak najbliżej prawej krawędzi jezdni wykorzystując pobocze. Pomoc można wezwać łącząc się z kolumny alarmowej oznaczonej piktogramem SOS z centrum obsługi tunelu. W tunelu nie można cofać i zawracać.
Obowiązuje również bezwzględny zakaz poruszania się rowerów i pieszych, należy skorzystać z autobusu komunikacji miejskiej zapewniającego także przewóz rowerów na specjalnych przyczepkach. Przez tunel nie będą mogły również przejeżdżać pojazdy z towarami niebezpiecznymi (dla nich pozostanie możliwość korzystania z promów).
Tunel jest wyposażony w szereg systemów bezpieczeństwa. Jest to przede wszystkim system wentylacji, który zadba o odpowiednią jakość powietrza w tunelu podczas jego użytkowania, a w sytuacji awaryjnej o oddymianie. Są to tak naprawdę dwa systemy wentylacji, jeden dla jezdni tunelu, drugi dla przestrzeni ewakuacyjnych do której nie może przedostać się dym.
W centralnej części tunelu zamontowano system zraszaczy, który ma ograniczyć skutki ewentualnego pożaru w tunelu. W całym tunelu jest też instalacja hydrantowa, z której będą mogli skorzystać strażacy. W niszach SOS znajdują się gaśnice i telefony łączności alarmowej umożliwiające bezpośredni kontakt z centrum obsługi tunelu.
Wyposażeniem obiektu jest również system nagłośnieniowy, przez który mogą być nadawane komunikaty i polecenia, do których należy się bezwzględnie stosować. Komunikaty mogą być również nadawane na częstotliwościach FM (stacji radiowych) aby były słyszane w pojazdach. Cały tunel jest objęty systemem monitoringu, zarówno w głównej nawie, jak i w przestrzeniach ewakuacyjnych. Systemy bezpieczeństwa dysponują również szeregiem czujników: dymu, wzrostu temperatury czy zanieczyszczeń powietrza. Całość jest sterowana z centrum obsługi tunelu, które znajduje się po stronie wyspy Uznam.
Systemy bezpieczeństwa mają ograniczyć negatywne skutki przede wszystkim wypadków drogowych. Najważniejsze jest jednak to, aby do takich sytuacji nie dochodziło. Dlatego tak ważne jest przestrzeganie opisanych zasad bezpieczeństwa.
W razie potrzeby w tunelu włączy się oświetlenie awaryjne koloru czerwonego, a system nagłośnieniowy zacznie nadawać sygnał alarmowy i komunikaty głosowe. Należy bezwzględnie się do nich stosować. Pojazdy należy zatrzymać przy prawej krawędzi, tak aby zapewnić korytarz dojazdu dla służb. W wypadku wystąpienia pożaru, przed pojazdem którym się poruszamy, trzeba jak najszybciej tunel opuścić. Umożliwi to galeria ewakuacyjna pod jezdnią, do której prowadzą dwa zejścia z poziomu jezdni znajdujące się w odległościach około 600-700 metrów od wlotów do tunelu. Pomiędzy tymi wejściami jest 500 metrów odległości. Galeria ewakuacyjna prowadzi do klatek schodowych, umieszczonych przy wlocie i wylocie z tunelu, umożliwiających wyjście na powierzchnię. Do tych klatek schodowych można również wejść z poziomu jezdni. Na całej długości tunelu są oznaczenia pokazujące odległość do wyjścia awaryjnego, należy skierować się do najbliższego.
Inwestorem budowy tunelu w Świnoujściu jest Miasto Świnoujście (przekazała na inwestycję 15% środków), a GDDKiA pełni rolę Inwestora zastępczego. Inwestycja jest współfinansowana (85%) ze środków UE w ramach Programu Operacyjnego Infrastruktura i Środowisko. Łączna szacowana wartość inwestycji to 913,8 mln złotych, maksymalna wartość dofinansowania ze środków UE wynosi 775 mln złotych.