Zakład bakteriologii wykonuje badania w kierunku różnych drobnoustrojów. Rodzaje usług, które są w nim świadczone to m.in. identyfikacja bakterii, biocenoza pochwy, wykonanie lekowraźliwości – antybiogram czy odczyny serologiczne. Funkcję kierowniczki szpitalnego zakładu pełni mgr Anna Koperska.
Nowoczesny sprzęt ułatwia pracę, a także gwarantuję jej wykonanie zgodnie z wymaganymi standardami. Koszaliński Zakład Bakteriologii posiada międzynarodowe i krajowe certyfikaty wiarygodności i poprawności wyników. Obecnie 11 osób pracuję w nim do godz. 15.00, ale w przyszłości najprawdopodobniej będzie zakład będzie działać całą dobę.