Komisja ds. Licencji Klubowych PZPN rozpatrzyła wnioski licencyjne beniaminków II ligi - wszystkie cztery kluby otrzymały licencje. W II lidze nie zagra Zawisza Bydgoszcz, który nie złożył wniosku o licencję. W związku z tym w II lidze utrzymał się Gryf Wejherowo.
W związku z niewystąpieniem WKS Zawisza Bydgoszcz S.A. o przyznanie licencji na udział w rozgrywkach II ligi w sezonie 2016/2017 oraz nieotrzymaniem licencji przez klub sklasyfikowany na 16 miejscu w tabeli rozgrywek II ligi w sezonie 2015/2016 tj. ZLKS Nadwiślan Góra, uprawnionym do udziału w rozgrywkach jest klub zajmujący kolejne miejsce spadkowe w tabeli rozgrywek tj. WKS Gryf Wejherowo.
Pozostanie Gryfa w II lidze oznacza utrzymanie w III lidze Bałtyckiej dla siódmej drużyny tabeli, którą jest Gwardia Koszalin. Na utrzymaniu Gwardzistów skorzysta z kolei trzynasty zespół IV ligi, Osadnik Myślibórz, który pozostanie w tej klasie rozgrywkowej na kolejny sezon.