Polski Związek Piłki Nożnej od sezonu 2016/17 wprowadza rozgrywki CLJ juniorów młodszych. Rozgrywki te wzorem juniorów starszych będą odbywały się w dwóch grupach (zachodnia i wschodnia). Awans do CLJ uzyskają po dwie najlepsze drużyny z każdego województwa. Oczywistym celem zespołu Bałtyku Koszalin będzie awans do grona 32 najlepszych drużyn. Trenerem drużyny juniorów młodszych w tym sezonie będzie Mateusz Kaźmierczak. W planach zespołu jest obóz przygotowawczy, który wzorem juniorów starszych odbędzie się w Babimoście (woj lubuskie) w dniach 8-15 sierpnia. W sezonie 2015/16 nasz zespół będzie rywalizował w ośmio-zespołowej lidze wojewódzkiej. Najgroźniejszymi rywalami wydają się być dwie drużyny Pogoni Szczecin oraz Chemik Police i Salos Szczecin. W ubiegłym sezonie, prowadzona przez trenera Wiktora Butryma drużyna Bałtyku Koszalin zajęła drugie miejsce i wraz z Pogonią Szczecin rywalizowała w makroregionie.