PGW Wody Polskie powstało 1 stycznia 2018 r. w związku z wymaganą przez Unię Europejską reformą prawa wodnego. Nowa, scentralizowana instytucja przejęła zadania samorządów i obowiązki Krajowego Zarządu Gospodarki Wodnej oraz siedmiu regionalnych zarządów zajmujących się gospodarowaniem wodami. Konieczność przeprowadzenia reformy prawa wodnego była warunkiem, który Polska musiała spełnić, by korzystać ze środków związanych z unijnymi programami na lata 2014-2020, a przeznaczonych na zadania związane z gospodarką wodną. Reforma miała także rozwiązać problem ciągłego niedofinansowania takich zadań, dzięki adekwatnym do potrzeb, pozabudżetowym środkom publicznym. Zakładano, że będą one pochodziły głównie z opłat za usługi wodne, np. za pobór wód czy naruszanie warunków korzystania ze środowiska. Kontrola NIK wykazała, że planowanego celu nie udało się osiągnąć.
W tej chwili Państwowe Gospodarstwo Wodne Wody Polskie utrzymuje się m.in. z opłat za usługi wodne i z dotacji pochodzących z budżetu państwa. Po kontrolach wykonania budżetu państwa w 2018 i 2019 r. NIK nie miała jednak możliwości zweryfikowania czy dane zawarte w sprawozdaniach z wykonania planów finansowych instytucji są wiarygodne. Sprawozdanie dotyczące 2018 r. zostało udostępnione Izbie w przedostatnim dniu kontroli, a rozbieżności między danymi jakie w nim podano, a danymi przedstawionymi w trakcie kontroli sięgały kilkuset milionów zł.
W tej chwili Państwowe Gospodarstwo Wodne Wody Polskie utrzymuje się m.in. z opłat za usługi wodne i z dotacji pochodzących z budżetu państwa. Po kontrolach wykonania budżetu państwa w 2018 i 2019 r. NIK nie miała jednak możliwości zweryfikowania czy dane zawarte w sprawozdaniach z wykonania planów finansowych instytucji są wiarygodne. Sprawozdanie dotyczące 2018 r. zostało udostępnione Izbie w przedostatnim dniu kontroli, a rozbieżności między danymi jakie w nim podano, a danymi przedstawionymi w trakcie kontroli sięgały kilkuset milionów zł.
Jak ustaliła NIK, po ponad dwóch latach od utworzenia Wód Polskich, prezes instytucji wciąż nie dysponował informacjami o liczbie przejętych nieruchomości gruntowych, budynków oraz urządzeń należących do Skarbu Państwa.