Studia magisterskie (1976–1981) i doktoranckie (1981–1982) odbyła w Instytucie Filozofii Uniwersytetu Warszawskiego. W latach 1982–1991 pracowała jako asystent, następnie zaś jako adiunkt w Zakładzie Etyki Instytutu Filozofii UW.
Pracę doktorską (Godność - ujęcie historyczne i normatywne idei, promotor: prof. dr hab. Henryk Jankowski) obroniła w 1990. W 2004 uzyskała habilitację na podstawie książki Indywidualizm i jego krytycy. Współczesne spory między liberałami, komunitarianami i feministkami na temat podmiotu, wspólnoty i płci.
Od 1993 redaktor Przeglądu Filozoficznego, od 1994 sekretarz redakcji pisma Etyka.
Jest stałą felietonistką „Gazety Wyborczej" i profesorem Uniwersytetu Warszawskiego.
16 sierpnia 2004 premier Marek Belka powołał Magdalenę Środę na stanowisko Pełnomocnika Rządu ds. Równego Statusu Kobiet i Mężczyzn.
Magdalena Środa została odwołana ze stanowiska pełnomocniczki przez premiera Kazimierza Marcinkiewicza 4 listopada 2005. Zadania dotychczas prowadzone przez pełnomocniczkę zostały przekazane do Ministerstwa Pracy i Polityki Społecznej.
Była kandydatką do Parlamentu Europejskiego w 2009 z listy Porozumienia dla Przyszłości (z rekomendacji Zielonych 2004) w okręgu łódzkim. Oddano na nią 10 798 głosów (2,25% wszystkich głosów oddanych w tym okręgu). Komitet PdP-CentroLewica nie przekroczył progu wyborczego.
Wyróżniona tytułem Polki roku 2009 w plebiscycie tygodnika "Wysokie Obcasy